20世纪初孔子形象的迅速低落，与日本在“脱亚入欧”的过程中对于孔子和儒家的否定有关。章太炎曾在《订孔》一文中引述日本人远藤隆吉的话说：“孔子出于支那，则支那之祸本也。”章太炎也首开了直接攻击孔子的先例。1906年，章太炎在东京留学生的欢迎会上说听到有人说他有神经病，反倒格外高兴。他说他之所以激烈攻击孔子是因为受康有为提倡孔教的刺激。

据冯自由在其《中华民国开国史》中的描述，章太炎在1896年当《时务报》的记者之时，就已经不同意康有为建立孔教会的主张。“岁丙申，夏曾佑、汪康年、梁启超发起《时务报》于上海，耳章名，特礼聘为记者，章梁订交即在此时。章尝叩梁以其师宗旨，梁以变法维新及创立孔教对，章谓变法维新为当世之急务，唯一尊孔设教有煽动教祸之虞，不能轻于附和。”

在章太炎的自编《年谱》中，提到他因为反对孔教的主张和康有为的弟子们发生过冲突。“春时在上海，梁卓如等倡言孔教，余甚非之。或言康有为字长素，自谓长于素王，其弟子或称超回、轶赐，狂悖滋甚。余拟以向栩，其徒大愠。”当时的思想家深受明末王宗羲和王夫之等人观点的影响。章太炎指出康门弟子主要依《明夷待访录》，而他则标举王夫之的《黄书》。但最终的结果是章太炎回到杭州。“麟自与梁、麦诸子相遇，论及学派，辄如冰炭。仲华亦假馆沪上，每有议论，常与康学癥牾，惜其才气太弱，学识未富，失据败绩，时亦有之。卓如门人梁作霖者，至斥以陋儒，诋以狗曲，面斥之云狗狗。麟虽未遭询，亦不远于辕固之遇黄生。康党诸大贤，以长素为教皇，又目为南海圣人，谓不及十年，当有符命，其人目光炯炯如岩下电，此病狂语，不值一笑。而好之者乃如蘌蜣转丸，则不得不大声疾呼，直攻其狂。”（章太炎《致谭献书》）

不过章太炎之所以反对康有为，除了政治立场的差异之外，多少夹杂有古文经学和今文经学的门户之争的意气成分。但他主张批评应在学术范围内，而不能借助权力罗列罪名，所以，他反对《翼教丛编》那样对康有为的攻击。

不过在康有为尽力将孔子构造成改制之教主的时候，章太炎则尽量将孔子“去魅”，将其描述成一个历史学家和教育家，一个不成功的政治家。在章太炎眼里，孔子是一个没有勇气又善于钻营的人。“他（孔子）教弟子，总是依人作嫁，最上是帝师王佐的资格，总不敢觊觎帝位，及到最下一级，便是委吏乘田，也将求去做了。诸君看孔子生平，当时摄行相事