替陈有年为吏部尚书后，大举改革。
当时满朝上下对孙丕扬都很认可，认为他除了有些‘轴’外，绝对是一位清正廉洁的官员，由他来担任吏部尚书，可以革除吏部的积弊。
而孙丕扬也确实如满朝文武上下所期望的那样，他至吏部后公正严明，不徇私情，史称‘挺劲不挠，百官不敢以私干者’。
为了杜绝请托之风，孙丕扬创造出独一无二的选官办法，那就是创“掣签法”。
此法说白了也就是抽签法！
一切大选急选官员，全部由抽签决定，如此可以彻底杜绝请托。
此举一出满朝上下无不称为公允，但是却惹怒了内阁。
避免干扰？杜绝请托？你这不是明白着指着和尚骂秃子，说得就是咱们内阁干涉你们吏部的人事权吗？
万历野获编上记载了这样一个段子。
说得是官场上避道，官员路上轿子碰到了，级别低的官员要避级别高的官员。
当时六部官员碰到了内阁大学士都要避道，唯独吏部尚书不用。到了严嵩时，内阁势重，所以吏部尚书也要避道，一直到了申时行为内阁大学士时，吏部尚书都要避宰相。
而到了爱搞事的陆光祖任吏部尚书时，当时内阁大学士是王家屏。
陆光祖让人事先探明内阁大学士坐轿的路线，然后迂回于道上不与内阁大学士相遇，用此来避免阁部争礼。
而到了张位与孙丕扬分任阁臣太宰时事情就来了。孙丕扬原来也是效仿陆光祖故意绕开内阁大学士的轿子。
但是有一次不小心两个人的轿子在路上碰到了，于是孙丕扬下轿于道旁作揖，还是尽了礼数。
结果张位看见了却装着没看见，拿着扇子掩面而去。于是两边撕破脸，大家公然交恶了。
吕坤与吏部尚书孙丕扬又是极为交好，称其为大贤，将他与郭正域并称。
戴士衡弹劾吕坤，即是铲除孙丕扬的臂助。这其实是张位与孙丕扬两位大佬在幕后较量，更深一步说就是内阁与吏部之争。
但是事情并没有朝想象中的发展，此事横生出枝节来。
戴士衡弹劾吕坤，此事牵涉到郑贵妃，连同给郑贵妃出书的郑承恩，郑国泰受到牵连，一日他们在路上走着，结果被一群义愤填膺的太学生们给揍了一顿，如此事情就闹大了。
郑贵妃跑到天子那哭诉了一番，不知为何认为牵涉到皇长子。于是天子就下诏责备太子左右的讲官，认为他们没有教